Marcel ist eine liebenswerte, einen Zentimeter grosse Muschel. Er führt zusammen mit seiner Grossmutter Connie, die an beginnender Demenz leidet, und Haustier Alan ein turbulentes Leben in einer menschlichen Wohnung. Einst Teil einer grossen Gemeinschaft von Muscheln, leben die beiden allein als einzige Überlebende einer mysteriösen Tragödie. Das ist nicht immer einfach und Marcel muss auch viele Dinge tun, die er vorher noch nie gemacht hat. Filmemacher Dean zieht nach einer Trennung in die Wohnung der beiden, die nun als Airbnb vermietet wird. Fasziniert beginnt er das Leben der kleinen Muschel aufzuzeichnen. Als der Dokumentarfilm, der daraus entsteht, auf Youtube zum Hit wird und es sogar zu einem Interview in einer bekannten Fernsehsendung kommt, nutzt Marcel die mediale Aufmerksamkeit, um seine verlorene Familie wiederzufinden. "Marcel the Shell with Shoes on" erzählt als Mockumentary von Marcel, einem zentimeterhohen Schneckenhaus mit zwei Beinen und einem Auge und dessen Beziehung zum Filmemacher Dean. Dean Fleischer Camp und Jenny Slate entwickelten den Film aus dem gleichnamigen Youtube-Kurzfilm. Sie nahmen Dialog auf und visualisierten diesen später mit Stop-Motion-Technik. Das in dem Film häufig auftretende Thema Trennung hat autobiografische Bezüge, da sich die beiden, während der Filmarbeiten im realen Leben scheiden liessen.