Als Kind musste er miterleben, wie sein Vater ermordet wurde. 20 Jahre später ist Snake Eyes zum Elitekämpfer gereift und auf der Suche nach den Mördern seines Vaters. Den Namen gab sich der Einzelgänger in Erinnerung an das prägende Ereignis in seiner Kindheit: Sein Vater musste um sein Leben würfeln und warf einen Einer-Pasch, was seinen Tod bedeutete.
Eines Tages rettet Snake Eyes einen Mann namens Tommy vor den Yakuza und lernt daraufhin dessen einflussreiche Familie kennen. Um das Vertrauen des Arashikage-Clans zu erlangen, muss Snake Eyes in drei Prüfungen seine Ehre und Loyalität beweisen.