Als Admiral Milius zu drastischen Mitteln greift, sind Layton und Mr. Wilford gezwungen eine Allianz zu bilden. Später offenbart Dr. Nima Rousseau prekäre Details über das Gemini-Projekt. So wurden auf Ebene 3 des Forschungsbunkers Experimente an Menschen durchgeführt, und auch Alex' rätselhaftes Nasenbluten ist eine toxische Nebenwirkung der Chemikalie. Derweil haben die Geflüchteten an Bord von "Big Alice" mit Problemen zu kämpfen und im Umland der Kolonie macht Osweiller eine fatale Entdeckung. Er stößt auf Sprengsätze, die am Berghang platziert sind, um das "Neue Eden" unter einer Lawine zu begraben...